Ранее Алия Рустемова возглавляла Многопрофильную городскую детскую больницы № 3 города Астаны. Закончила Алматинский государственный медицинский институт (1992) по специальности «Лечебное дело», Жетысуский государственный университет им. И.Жансугурова (2007) по специальности «Финансы», доктор медицинских наук.

Начала свою трудовую деятельность в Талгарской районной больнице г. Талгар Алматинской области (1992-1993) врачом-терапевтом. Долгие годы проработала в сфере здравоохранения городов Алматы, Талдыкорган, Кызылорда, Петропавловска и Астаны.

С июня 2018 года по августа 2022 года занимала должность заместителя руководителя ГУ «Управление общественного здравоохранения города Нур-Султан».