Айжан Есмагамбетова родилась в 1972 году в Алматинской области. В 1997 году окончила Алматинский государственный медицинский университет по специальности, Казахстанский Медицинский университет (Высшая школа общественного здравоохранения), Алматы менеджмент университет.

Трудовую деятельность начала в 1990 году фельдшером-лаборантом поликлиники №7 г. Алматы. В 1997-2004 гг. работала врачом-эпидемиологом, врачом-бактериологом, заведующей лабораторией отдела особо опасных инфекций Республиканской санитарно-эпидемиологической станции.  В 2004-2014 гг. занимала различные должности в структуре Комитета государственного санитарно-эпидемиологического надзора МЗ РК. В 2013 г. назначена Председателем Комитета государственного санитарно-эпидемиологического надзора МЗ РК.

В 2014 году — директор департамента эпидемиологического надзора – заместитель главного государственного санитарного врача Агентства по защите прав потребителей РК. В 2014-2017 гг. — руководитель управления эпидемиологического надзора Комитета по защите прав потребителей МНЭ РК. 

В 2017 году — директор департамента стратегического развития и общественного здравоохранения МЗ РК.

В 2017-2020 гг. — директор департамента политики общественного здравоохранения РК.

В 2020 году — заместитель председателя Комитета контроля качества и безопасности товаров и услуг МЗ РК. С октября 2020 года и по настоящее время работала председателем Комитета санитарно-эпидемиологического контроля МЗ РК.