В составе департамента создано два управления:
- Управление развития фармацевтической промышленности (руководитель - Смагулова Ботагоз Болтаевна, главный эксперт - Бериков Канатбек Берикович);
- Управление развития медицинской промышленности (руководитель - Телешева Айгуль Нигметуллаевна).